Trong nhiều thế kỷ, một số loài nấm đã được ghi nhận dùng trong các bài thuốc dân gian ở Trung Quốc, Nhật Bản và Nga.[6] Mặc dù việc sử dụng nấm trong y học dân gian chủ yếu tập trung ở lục địa châu Á (Đông Á) nhưng người dân những vùng khác như Trung Đông, Ba Lan và Belarus cũng dùng nấm để chữa bệnh.[7][8] Một số loài nấm - đặc biệt là nấm lỗ như nấm linh chi - được cho là có khả năng mang lại nhiều ích lợi cho sức khỏe.

Hiện thời, các nghiên cứu về nấm dùng trong y học tập trung vào tác dụng giảm đường huyết, chống ung thư, chống mầm bệnh và tăng cường hệ miễn dịch. Các nghiên cứu gần đây cho thấy rằng nấm sò có chứa chất lovastatin tự nhiên có khả năng hạ cholesterol.[9] Có loại nấm mang khả năng sản sinh một lượng lớn vitamin D nếu tiếp xúc với tia tử ngoại[10] và có loại còn có tiềm năng trở thành nguồn paclitaxel (chất trị ung thư) trong tương lai.[11] Tính đến nay, Penicillin, lovastatin, ciclosporin, griseofulvin, cephalosporin, ergometrine và statins là các dược phẩm nổi tiếng nhất được phân lập từ nấm.